MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ
Genetik ve Biyomühendislik
GBE 355 | Ders Tanıtım Bilgileri
| Dersin Adı |
Mikrobiyal Biyofilmler
|
|
Kodu
|
Yarıyıl
|
Teori
(saat/hafta) |
Uygulama/Lab
(saat/hafta) |
Yerel Kredi
|
AKTS
|
|
GBE 355
|
Güz/Bahar
|
3
|
0
|
3
|
5
|
| Ön-Koşul(lar) |
Yok
|
|||||
| Dersin Dili |
İngilizce
|
|||||
| Dersin Türü |
Seçmeli
|
|||||
| Dersin Düzeyi |
Lisans
|
|||||
| Dersin Veriliş Şekli | - | |||||
| Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri | TartışmaGrup çalışmasıSoru & CevapAnlatım / Sunum | |||||
| Dersin Koordinatörü | ||||||
| Öğretim Eleman(lar)ı | ||||||
| Yardımcı(ları) | - | |||||
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı mikrobiyal biyofilmlerin oluşum ve yayılım süreçlerini ve bu süreçleri düzenleyen çevresel sinyaller ve sinyal ağlarını açıklamak, biyofilm enfeksiyonları, biyokirlenme ve biyofilmlerle mücadele stratejileri hakkında bilgi vermektir. |
| Öğrenme Çıktıları |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
| Ders Tanımı | Bu ders, mikrobiyal biyofilmlerin oluşumu, biyofilm oluşumunda sentezlenen hücre dışı polimerik maddenin yapısı ve görevleri, biyofilm oluşum ve dağılım süreçlerini düzenleyen çevresel sinyaller ve hücre içi ve hücreler arası sinyal ağları, yüzeylerde biyokirlenme, biyofilmlerin yol açtığı kronik ve implant ilişkili enfeksiyonları kapsamaktadır. Ayrıca bu ders, biyofilmlerle mücadele için geliştirilmiş güncel stratejiler hakkında da bilgi vermektedir. |
|
|
Temel Ders | |
| Uzmanlık/Alan Dersleri |
X
|
|
| Destek Dersleri | ||
| İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri | ||
| Aktarılabilir Beceri Dersleri |
HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
| 1 | Biyofilmlere Giriş | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 1 |
| 2 | Bakteriyel adezyon mekanizmaları, biyofilm oluşumu, biyofilm yaşam döngüsü | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 2 ve Bölüm 3 |
| 3 | Hücre dışı polimerik biyofilm matrisi (EPS) işlevleri ve komponentleri | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 4 |
| 4 | Biyofilm oluşumu ve dağılımını düzenleyen sinyal ağları ve siklik-diguanilat monofosfat (c-di GMP) | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 5 |
| 5 | Biyofilm oluşumu ve dağılımını düzenleyen sinyal ağları ve quorum algılama | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 6 Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 2 |
| 6 | Biyofilm dağılımı ve biyofilm dağılımını tetikleyen stratejiler | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. Bölüm 9 |
| 7 | Ara sınav | |
| 8 | Biyofilmler ve biyokirlenme | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 4 |
| 9 | Biyofilmler ve kronik enfeksiyonlar | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 4 ve Bölüm 5 |
| 10 | Biyofilmler ve implant ilişkili enfeksiyonlar | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 7 |
| 11 | Biyofilmler ve antimikrobiyal direnci | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 8 |
| 12 | Biyofilm oluşumunun kontrolü ve inhibisyonu, biyofilm ilişkili enfeksiyonlar için yeni tedavi stratejileri | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 9 ve Bölüm 10 |
| 13 | Biyofilm ilişkili enfeksiyonlar için yeni tedavi stratejileri | Rina Rani Ray, Moupriya Nag, Dibyajit Lahiri. Biofilm-Mediated Diseases: Causes and Controls, 1st Edition. Springer Nature, 2021. Bölüm 10 |
| 14 | Öğrenci sunumları | |
| 15 | Dersin gözden geçirilmesi | |
| 16 | Final sınavı |
| Ders Kitabı | Staffan Kjelleberg, Michael Givskov. The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations, 1st Edition. Horizon Bioscience, 2007. ISBN: 9781904933335
|
| Önerilen Okumalar/Materyaller |
Zbigniew Lewandowski, Haluk Beyenal. Fundamentals of Biofilm Research, 2nd Edition. CRC Press, 2014. ISBN: 9781466559608
Berne, C., Ellison, C. K., Ducret, A. et al. Bacterial adhesion at the single-cell level. Nature Reviews Microbiology 2018, 16, 616–627. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0057-5
Donlan, R. M. Biofilms: microbial life on surfaces. Emerging Infectious Diseases 2002, 8, 881-890. https://doi.org/10.3201/eid0809.020063
Rumbaugh, K. P., Sauer, K. Biofilm dispersion. Nature Reviews Microbiology 2020, 18, 571–586. https://doi.org/10.1038/s41579-020-0385-0
Koo, H., Allan, R., Howlin, R. et al. Targeting microbial biofilms: current and prospective therapeutic strategies. Nature Reviews Microbiology 2017, 15, 740–755. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.99
|
DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Katkı Payı % |
| Katılım |
1
|
5
|
| Laboratuvar / Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği | ||
| Portfolyo | ||
| Ödev |
1
|
15
|
| Sunum / Jüri Önünde Sunum |
1
|
15
|
| Proje | ||
| Seminer/Çalıştay | ||
| Sözlü Sınav | ||
| Ara Sınav |
1
|
25
|
| Final Sınavı |
1
|
40
|
| Toplam |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
4
|
60
|
| Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
1
|
40
|
| Toplam |
AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Süre (Saat) | İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati) |
16
|
3
|
48
|
| Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati) |
16
|
0
|
|
| Sınıf Dışı Ders Çalışması |
14
|
2
|
28
|
| Arazi Çalışması |
0
|
||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği |
0
|
||
| Portfolyo |
0
|
||
| Ödev |
1
|
15
|
15
|
| Sunum / Jüri Önünde Sunum |
1
|
18
|
18
|
| Proje |
0
|
||
| Seminer/Çalıştay |
0
|
||
| Sözlü Sınav |
0
|
||
| Ara Sınavlar |
1
|
18
|
18
|
| Final Sınavı |
1
|
23
|
23
|
| Toplam |
150
|
DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ
|
#
|
Program Yeterlilikleri / Çıktıları |
* Katkı Düzeyi
|
||||
|
1
|
2
|
3
|
4
|
5
|
||
| 1 | Matematik, Fen Bilimleri ve Genetik ve Biyomühendislik konularında yeterli bilgi sahibidir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanır. |
|||||
| 2 | Karmaşık Genetik ve Biyomühendislik problemlerini saptar, tanımlar, formüle eder ve çözer; bu amaca uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçer ve uygular. |
X | ||||
| 3 | Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlar; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygular. |
|||||
| 4 | Genetik ve Biyomühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirir, seçer ve kullanır; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanır. |
X | ||||
| 5 | Genetik ve Biyomühendislik araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlar, deney yapar, veri toplar, sonuçları analiz eder ve yorumlar. |
|||||
| 6 | Genetik ve Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler. |
X | ||||
| 7 | Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurar; etkin rapor yazar ve yazılı raporları anlar, tasarım ve üretim raporları hazırlar, etkin sunum yapar, açık ve anlaşılır talimat verir ve alır. |
|||||
| 8 | Genetik ve Biyomühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın sorunları hakkında bilgi sahibidir; Genetik ve Biyomühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçlarının farkındadır. |
|||||
| 9 | Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahiptir; Genetik ve Biyomühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi sahibidir. |
|||||
| 10 | Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi sahibidir; girişimcilik, yenilikçilik hakkında bilinçlidir; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi sahibidir. |
|||||
| 11 | Bir yabancı dili kullanarak Genetik ve Biyomühendislik ile ilişkili konularda, bilgi toplar ve meslektaşları ile iletişim kurar. |
|||||
| 12 | İkinci yabancı dili orta düzeyde kullanır. |
|||||
| 13 | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincindedir; bilgiye erişir, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izler ve kendini sürekli yeniler; insanlık tarihi boyunca oluşan bilgi birikimini Genetik ve Biyomühendislik alanıyla ilişkilendirir. |
|||||
*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest
HABER |TÜM HABERLER
‘Genetiğinde’ Başarı Var
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Genetik ve Biyomühendislik Bölümü’nden bu yıl mezun olan Ezgi Kaya, Almanya’nın Münih şehrindeki dünyaca ünlü Ludwig Maximilian Üniversitesi’ne
Genetikçilerin ‘Almanya’ başarısı
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Genetik ve Biyomühendislik Bölümü’nden yeni mezun olan 9 öğrenci, yüksek lisans için Almanya’daki 6 farklı üniversiteden kabul alarak
Lisans Öğrencilerimizin Sanayi Ortaklı TÜBİTAK Projesi Kabul Edildi
Genetik ve Biyomühendislik bölümü 4. Sınıf öğrencilerimizden Alara Aysu Çandarlı’nın yürütücüsü ve Mert Ali Çalışkan’ın araştırmacı olduğu, Dr. Öğr. Üyesi Işınay E.
Lisans Öğrencilerimizin Proje Başarısı
Danışmanlığını bölümümüz öğretim üyelerinin yaptığı projeler ile lisans öğrencilerimiz, 2209-A TÜBİTAK BİDEB Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı kapsamında desteklenmeye hak kazanmıştır. Ayrıntıları aşağıda
Gençlerden ‘sürdürülebilir enerji’ fikirleri
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ), sanayiden ulaşıma kadar pek çok alanda kullanılan, karbon salınımına yol açmadığı için çevreci özelliğiyle ön plana çıkan biyohidrojenle
Kaplıcada keşif
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Genetik ve Biyomühendislik Bölümü’nden Dr. Öğretim Üyesi Mine Güngörmüşler ve iki yüksek lisans öğrencisi, İzmir’de bulunan 5 kaplıcadaki
Dünyadaki 7 kişi arasına girdi
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Genetik ve Biyomühendislik Bölümü’nden bu yıl mezun olan Arda Kıpçak, Amerika Birleşik Devletleri’ndeki (ABD) dünyaca ünlü Virginia Üniversitesi’ne
Virüse karşı ‘akıllı kabin’
İzmir Ekonomi Üniversitesi’nden (İEÜ) Doç. Dr. Osman Doluca ve 4 öğrencisi, Kovid-19 virüsünün tespiti için vakalardan alınan numunelerin, teste gönderilmeden önce steril